L'Organe directeur est l'instance supérieure du Traité, conformément à l'article 19. Composé de représentants de toutes les Parties contractantes, il a pour principale fonction de promouvoir la pleine mise en œuvre du Traité, notamment en proposant des orientations générales à ces fins.

    L'Organe directeur tient des sessions ordinaires au moins une fois tous les deux ans, dans la mesure du possible programmées pour coïncider avec les réunions de la Commission des ressources génétiques pour l'alimentation et l'agriculture de la FAO.

    Les décisions sont prises par consensus, à moins qu'une autre méthode ne soit approuvée (par consensus) pour la prise de décisions relatives à certaines mesures. Le consensus reste toujours nécessaire pour adopter des amendements au Traité ou à ses annexes.

   L'Organe directeur supervise les objectifs suivants:

a) de donner des indications et orientations générales pour suivre et adopter les recommandations nécessaires à la mise en œuvre du présent Traité, et en particulier le fonctionnement du Système multilatéral;

b) d’adopter des plans et programmes pour la mise en œuvre du présent Traité;

c) d'adopter à sa première session et d’examiner périodiquement la stratégie de financement pour la mise en œuvre du présent Traité, conformément aux dispositions de l'Article 18;

d) d’adopter le budget du présent Traité;

 e) d’envisager et d’établir sous réserve de la disponibilité des fonds nécessaires les organes subsidiaires qu’il juge nécessaire et leur mandat et leur composition respectifs;

f) de créer, en tant que de besoin, un mécanisme approprié tel qu’un compte fiduciaire, pour recueillir et utiliser les ressources financières qu’il reçoit aux fins de la mise en œuvre du présent Traité;

g) d’établir et de maintenir une coopération avec les autres organisations internationales compétentes et avec les organes créés par des traités, notamment la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique dans les domaines visés par le présent Traité, y compris leur participation à la stratégie de financement;

 h) d’examiner et d’adopter, selon qu'il convient, des amendements au présent Traité, conformément aux dispositions de l’Article 23;

 i) d’examiner et d'adopter, selon qu'il convient, des amendements aux annexes au présent Traité, conformément aux dispositions de l’Article 24;

 j) d’envisager les modalités d’une stratégie visant à encourager les contributions volontaires et, en particulier, en ce qui concerne les Articles 13 et 18;

 k) de s’acquitter de toute autre fonction nécessaire à la réalisation des objectifs du présent Traité;

 l) de prendre note des décisions pertinentes de la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique et d'autres organisations internationales compétentes et organes de traités;

 m) d'informer, selon qu'il convient, la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique et d'autres organisations internationales compétentes et organes de traités de questions relatives à la mise en œuvre du présent Traité; et

n) d'approuver les termes des accords avec les CIRA et autres institutions internationales visées à l'Article 15, et de réexaminer et d'amender l'ATM visé à l'Article 15.

   Chaque Partie contractante dispose d'une voix et peut être représentée aux sessions de l'Organe directeur par un seul délégué, qui peut être accompagné d'un suppléant, ainsi que d'experts et de conseillers. Il est nécessaire d'atteindre un quorum qui est représenté par la majorité des délégués.