El Órgano Rector es el órgano supremo del Tratado en virtud del Artículo 19. Está formado por representantes de todas las Partes Contratantes y su función principal es la de promover la aplicación del Tratado en su totalidad, incluyendo la orientación de políticas para la aplicación del mismo.

   El Órgano Rector celebra reuniones ordinarias una vez cada dos años como mínimo, que se programan, a ser posible, de manera que coincidan con las reuniones de la Comisión de Recursos Genéticos para la Alimentación y la Agricultura.

   Las decisiones se toman por consenso salvo que se decida (también por consenso) utilizar otro método para decidir sobre determinadas medidas. Siempre se debe alcanzar un consenso para efectuar enmiendas en el Tratado o sus anexos.

   El Órgano Rector supervisa los siguientes objetivos:

a) impartir instrucciones y orientaciones sobre políticas para la supervisión y aprobar las recomendaciones que sean necesarias para la aplicación del presente Tratado, y en particular para el funcionamiento del sistema multilateral;
b) aprobar planes y programas para la aplicación del presente Tratado;
c) aprobar en su primera reunión y examinar periódicamente la estrategia de financiación para la aplicación del presente Tratado, de conformidad con las disposiciones del Artículo 18;
d) aprobar el presupuesto del presente Tratado;
e) estudiar la posibilidad de establecer, siempre que se disponga de los fondos necesarios, los órganos auxiliares que puedan ser necesarios y sus respectivos mandatos y composición;
f) establecer, en caso necesario, un mecanismo apropiado, como por ejemplo una cuenta fiduciaria, para recibir y utilizar los recursos financieros que se depositen en ella con destino a la aplicación del presente Tratado;
g) establecer y mantener la cooperación con otras organizaciones internacionales y órganos de tratados pertinentes, en particular la Conferencia de las Partes en el Convenio sobre la Diversidad Biológica, sobre asuntos abarcados por el presente Tratado, incluida su participación en la estrategia de financiación;
h) examinar y aprobar, cuando proceda, enmiendas del presente Tratado, de conformidad con lo dispuesto en el Artículo 23;
i) examinar y aprobar y, en caso necesario, modificar los anexos del presente Tratado, de conformidad con lo dispuesto en el Artículo 24;
j) estudiar las modalidades de una estrategia para fomentar las contribuciones voluntarias, en particular con respecto a los Artículos 13 y 18;
k) desempeñar cualesquiera otras funciones que puedan ser necesarias para el logro de los objetivos del presente Tratado;
l) tomar nota de las decisiones pertinentes de la Conferencia de las Partes en el Convenio sobre la Diversidad Biológica y de otras organizaciones internacionales y órganos de tratados pertinentes;
m) informar, cuando proceda, a la Conferencia de las Partes en el Convenio sobre la Diversidad Biológica y a otras organizaciones internacionales y órganos de tratados pertinentes de los asuntos relativos a la aplicación del presente Tratado; y
n) aprobar las condiciones de los acuerdos con los CIIA y las instituciones internacionales en virtud del Artículo 15 y examinar y modificar el Acuerdo de transferencia de material a que se refiere el Artículo 15.

   Cada Parte Contratante tiene un voto y puede estar representada en las reuniones del Órgano Rector por un único delegado, al que pueden acompañar un suplente, expertos y asesores. Es necesario alcanzar un quórum constituido por la mayoría de los delegados.