En vertu de l'Article 17 du Traité international, « les Parties contractantes coopèrent dans le but de développer et de renforcer un système mondial d’information de manière à faciliter les échanges d’informations, sur la base des systèmes d’information existants, sur les questions scientifiques, techniques et environnementales relatives aux ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture. »

Compte tenu des nombreuses initiatives en cours, de leur différente nature, de leur champ d'application spécifique et de la diversité des parties prenantes, la constitution de partenariats stratégiques qui leur permettent d'agir en collaboration pour apporter un soutien plus efficace et mieux coordonné aux efforts de sélection végétale et à la mise en œuvre du Système multilatéral s'impose.

Afin de faciliter la mise en place du Système mondial d'information prévu à l'Article 17, le Secrétariat s'emploie à nouer des partenariats stratégiques et participe à l'élaboration de systèmes d'information et d'outils, sous la direction de l'Organe directeur. Il mène en particulier les principales activités suivantes:

- recensement des besoins spécifiques des parties prenantes et des utilisateurs;

- établissement d'inventaires et constitution de bases de données sur les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture;

- établissement de liens avec le Centre d'échange de la Convention sur la diversité biologique , le portail Genesys, le Mécanisme mondial d'échange d'information sur la mise en œuvre du Plan d'action mondial, Eurisco, Grin-Global et d'autres Accords multilatéraux sur l'environnement pertinents.