M. Shakeel Bhatti a été nommé Secrétaire de l'Organe directeur par le Directeur général de la FAO le 29 janvier 2007, suite à une recommandation qui lui a été présentée par le Président de la deuxième session de l'Organe directeur du Traité international.
Les fonctions du Secrétaire son decrites à l'article 20 du Traité. Ils sont les suivantes:
a) organiser des sessions de l’Organe directeur et des organes subsidiaires qui pourraient être créés et leur fournir un soutien administratif;
b) aider l’Organe directeur à s’acquitter de ses fonctions, et s’acquitter de toutes tâches spécifiques que l’Organe directeur décide de lui confier;
c) faire rapport sur ses activités à l’Organe directeur;
Le Secrétaire communique à toutes les Parties contractantes et au Directeur général les décisions de l’Organe directeur dans un délai de soixante jours à compter de leur adoption e les informations reçues des Parties contractantes.
Le Secrétaire coopère aussie avec les autres organisations et organes de traités, notamment le Secrétariat de la Convention sur la diversité biologique.